亞齊省位於印尼的最西北部，亞齊十七世紀已成為印尼文化、商業與宗教的中心，回教自中東傳入亞齊，再從亞齊傳到印尼其他地區。亞齊民眾自始信仰回教，他們性格保守，不容易接受外來文化，即使荷蘭殖民時代，殖民統治者也未真正統治過亞齊，亞齊人口目前約有四百三十萬人。

伊斯干達王朝(Kerajaan Istandar Muda 一六○七至一六三六)是亞齊最興盛的一個王朝，他從亞齊遠征其他地區，如楠榜、朋姑露甚至於部分馬來半島。伊斯干達國王興建了許多回教堂，向非回教徒進行聖戰，嚴格執行回教教規，伊斯干達國王受到國民的敬愛與尊重。

一九四五年第二次世界大戰結束，印尼自荷蘭統治者宣布獨立，按照印尼國父蘇卡諾的獨立宣言，凡是荷蘭在東南亞統治的領土都歸入印尼領土，亞齊也成為印尼共和國領土的一部分，成為印尼的一個省。

部分亞齊人民認為他們沒有真正被荷蘭統治過，印尼獨立後他們也希望自已成立一個國家，延續伊斯干達王朝。一九五四年亞齊回教組織向中央政府發動叛變，不久被政府軍平定。

當時在美國求學的哈山．迪羅(Hasan Tiro)，他是亞齊伊斯干達皇族的後裔，在美國哥倫比亞大學完成了國際公法博士學位，曾任印尼駐聯合國大使館新聞官，在政府平定亞齊叛軍後，他毅然回到亞齊參加亞齊爭取獨立的運動。

一九六五年元月哈山．迪羅就有了成立「蘇門答臘亞齊國」的構想，一直到一九七六年十二月四日他逃到歐洲，在瑞典宣布亞齊獨立，成立流亡政府，哈山．迪羅自任亞齊國總統。亞獨組織不能接受中央政府將爪哇族群移民到亞齊的移民政策，他們始終把來自爪哇的族群當成外來的統治者。

一九九○年因為亞獨軍與國軍的衝突升高，亞獨軍攻擊國軍與警察，並搶奪國軍的武器，促使蘇哈托總統下令在亞齊進行軍事行動，把亞齊列為軍事行動區，一直到一九九八年蘇哈托總統下台，才結束對亞齊的軍事行動。根據政府的統計在執行軍事行動其間，八七一名亞獨軍被殺死，三八七人失蹤最後死亡，超過五百人失蹤至今未有消息，但社會自籌機構的統計比政府的統計高出數倍。

一九九八年哈比比總統允許東帝汶舉辦民意調查，也促使亞齊人民要求在亞齊舉辦民意調查及自印尼分離自行獨立。一九九九年八月人權委員會建議成立亞齊真相與和解委員會，解決亞齊問題。一九九九年十二月瓦希德總統宣布給予亞齊更大的自治權。

二○○○年五月在亨利杜南中心（人道和平機構）的協助下，印尼政府與亞獨組織簽定了「人道停火協定」，但雙方並未真正停火。二○○一年三月九日國軍宣布重新執行軍事行動，大舉攻擊亞獨基地。

二○○三年五月十九日印尼與亞獨在東京的談判破裂，梅嘉娃蒂總統簽署第廿八號總統決定書，授權國軍大舉攻擊亞獨，該軍事行動進行了六個月。二○○三年十二月在美國、歐盟、日本及世界銀行的壓力下，印尼與亞獨簽署了停火協議（COHA）。雙方仍未真正的停火，卻已引來國際社會的關注與干預。

根據國軍的統計，國軍在執行亞齊軍事行動期間，政府出動了二萬八千名國軍，及一萬二千名警察，對付五千名亞獨叛軍的二千支槍。亞齊獨立運動近三十年，造成約一萬五千名無辜的平民喪失寶貴的生命。

二○○四年蘇希洛．尤多約諾總統上台後，停止在亞齊的軍事行動，是年十二月廿六日亞齊發生大地震與大海嘯，造成二十多萬亞齊人死亡。二○○五年元月副總統尤淑夫．卡拉與亞獨成員開始在芬蘭赫爾辛基進行多次會談，最後雙方終於達成和平協議，並於八月十五日在芬蘭赫爾辛基簽定和平協議。亞齊人民獲得更大的自治權，甚至於允許亞齊人民成立地方性政黨，也允許亞齊地方政府自行向外國貸款等，如此寬鬆的條件，為了保全印尼國土的完整與國家民族的統一。