印度尼西亞於一九四五年八月十七日自荷蘭殖民者手中宣佈獨立，當時荷蘭殖民者並未將在巴布亞西部的殖民地移交給印尼政府。荷蘭殖民政府計劃培養巴布亞西部最遲於一九七○年宣佈獨立，荷蘭殖民者的計劃留下了巴布亞人民爭取獨立的隱憂。印荷雙方經過漫長的談判與鬥爭後，一九六三年五月一日在聯合國的監督下，荷蘭殖民者將巴布亞移交給印尼政府。成為印尼的一個省。

一九六五年蘇哈托總統上台，一九六九年至一九七三年正式改名為西伊里安（ IRIAN BARAT ）省，一九七三年至二○○二年改名為伊里安查雅(Irian Jaya)省。二○○三年實行地方自治，並將該省分割成兩個省，西部的稱西巴布亞省，東部的稱巴布亞省。

早在哈比比總統執政時代，一九九九年十月四日哈比比總統簽定一九九九年第四十五號法令將伊里安查雅省分成兩個省，即西伊里安查雅省與中伊里安查雅省，但遭到伊里安查雅地方議會的反對，最後哈比比總統撤銷該法令。

二○○○年一月一日瓦希德總統正式將伊里安查雅省改名為巴布亞省，二○○○年六月三日巴布亞人民大會宣布拒絕巴布亞省成為印尼的一個省分。換句話說，巴布亞要的是「獨立」。

二○○一年十一月二十一日美加娃蒂總統簽署二○○一年第二十一　號法令，定巴布亞省為地方自治省。二○○三年一月二十七日簽署二○○三年第十二號有關加速實行哈比比總統簽的一九九九年第四十五號法令，將巴布亞省分成兩個省。
二○○四年十二月二十三日蘇西洛總統簽署同意成立巴布亞人民協商會，二○○七年四月十八日西伊里安查雅省改名為西巴布亞省。

中央與地方缺乏互信

自二○○一年巴布亞省實行地方自治九年後，被評為失敗，主要原因為中央政府與地方人民缺乏互信，使二○○一年第二十一號法令難以落實。中央統計機構的資料顯示，巴布亞實行地方自治九年來，人民建設指數(IPM)並沒有顯著的上升。二○○五年至二○○八年巴布亞在全國三十三個省分中的人民建設指數排最後一名，之前還在西奴省之上。這是因為省區地方條例與特區條例不完善，使地方自治法令難以實行，另一原因是人權法庭與真理及和解委員會至今未成立，使許多問題未能徹底解決。實行地方自治十年來人權問題與樹立法律問題沒有進展。

另外，地方政府與中央政府都沒有定下實行地方自治的目標，並對自治法令有不同的解讀，使地方自治多年來原地踏步。

人民對地方自治的印象只是「錢」，地方政府向中央要錢，中央政府撥給地方政府錢，二○○二年至二○一○年，中央撥給巴布亞的預算是二一‧四兆盾，一筆頗大的數目，但巴布亞的人民建設指數並未因此上升？根據中央統計機構的資料顯示，二○○○年巴布亞的貧窮人口九七○，九○○人，而二○○八年的貧窮人口九四六，六○○人，只下降了一點點。失業人口反而增加，一九九九年有六三，四六五人，八年後失業人口上升至七三，三八○人，上升了百分之一五‧六。

地方自治效率不彰主要原因是法律不明確，誰應對中央放發的款項負責，沒有明確的法律規定。自治區的省長、縣長、市長互相推卸責任。

拒絕成為自治區

巴布亞民俗主席自始拒絕巴布亞成為自治區。他們認為地方自治只是中央政府阻止地方走向獨立的一個騙局。中央答應地方保持自已旗幟、民歌、民俗、文化特性，但事實上他們經歷的卻是中央政府違背了自己的承諾。中央政府發放的經費，沒有落到廣大民眾的手中，大部分落到少數貪污官員的手中。

二○○一年第二十一號法令實行兩年後，美加娃蒂總統忽然簽署二○○三年第一號總統指令，將巴布亞省分割成兩個省。其實，自二○○一年第二十一號法令第二十七章中明確的指出，分省應先獲得巴布亞人民協商會議及巴布亞地方議會的同意，巴布亞人民覺得被中央政府擺了一道。一年後憲法法院判決二○○三年第一號總統指令違反法律，但米己成了飯，已成立了地方政府，並有了地方議會等機構，憲法法院乃建議制定相關法令，使分省合法化。

擁有豐富天然資源

巴布亞人民需要的不是美麗的謊言，也不是豪華的高樓大廈，或無所不有的購物中心，而他們需要的是基本人權獲得保障，有機會接受良好的教育，有良好的保健制度，這樣才能夠公平的與其他族群競爭。單單提供經費，而沒有良好的執行與監督制度，等於提供官員貪污的機會。

巴布亞省擁有豐富的天然資源，有全國最大的金礦由美國自由港公司開採，有油礦、天然氣等豐富的礦產，以及幾乎未曾開發的豐富海洋資源，就視中央政府如何利用巴布亞豐富的天然資源造富巴布亞人民，提升巴布亞人民的生活水平。