中華民國新任行政院長吳敦義九月十日率全體閣員在總統府宣誓就職，馬總統也發佈總統令，特任廖了以為總統府秘書長。

行政院長：吳敦義（新任）、行政院副院長：朱立倫（新任）、行政院秘書長：林中森（新任）、新聞局長：蘇俊賓（留任）、內政部長：江宜樺（轉任）、外交部長：楊進添（新任）、國防部長：高華柱（轉任）、財政部長：林述德（留任）、教育部長：吳清基（新任）、法務部長：王清峰（留任）、經濟部長：施顏祥（新任）、交通部長：毛治國（留任）、衛生署長：楊志良（留任）、環保署長：沈世宏（留任）、故宮博物院長：周功鑫（留任）、陸委會主委：賴幸媛（留任）、經建會主委：蔡勳雄（轉任）、金管會主委：陳  冲（留任）、退輔會主委：曾金陵（新任）、青輔會主委：王昱婷（留任）、原委會主委：蔡春鴻（留任）、國科會主委：李羅權（留任）、研考會主委：宋餘俠（暫代）、農委會主委：陳武雄（留任）、文建會主委：黃碧瑞（留任）、勞委會主委：王如玄（留任）、工程會主委：范良銹（留任）、原民會主委：孫大川（新任）、客委會主委：黃玉振（留任）、體委會主委：戴遐齡（留任）、人事行政局長：吳泰成（新任）、主計長：石素梅（留任）、蒙藏委員會會委員長：高思博（留任）、僑務委員會委員長：吳英毅（留任）、政務委員：蔡勳雄（留任）、曾志朗（留任）、薛承泰（留任）、范良銹（留任）、張進福（留任）、高思博（留任）。