『1998年印尼遭遇金融危機，從此一蹶不振，印馬兩國人民的差距越來越大。馬國的國民平均所得已經達到35000美元，而印尼的平均國民所得仍停留在2000美元之間。印尼在東協龍頭老大的地位，逐漸被馬國所替代。』

        2007年8月24日印尼空手道裁判Donald PIETER在吉隆坡遭到4位馬來西亞警察毆打事件，透過媒體的宣導，已引起印尼民眾的不滿，其實印尼民眾不是因為Donald Pieter被毆打感到不滿，而是因為馬國政府與民眾對印尼的歧視與不尊重。馬國外交部長Syed Hamid Albar及馬國警察總長Tan Sri Musa Hasan訪問印尼，晉見蘇西洛總統時拒絕就該事件向印尼道歉，更使印尼民眾憤怒，並紛紛到馬國大使館進行示威與抗議，部份民眾更對馬國公民進行搜查，大大的影響了印尼與馬國曆年來建立的良好睦鄰關係。

        原定副總統卡拉將赴馬國出席該國50周年國慶大典，但因為馬國不願道歉，使一些激進份子主張副總統不必出席該盛會，以表示對馬國政府的不滿。就在馬國50周年國慶的前一天，蘇西洛總統接到馬國總理巴達威的道歉電話，因為有了馬國總理的道歉電話．副總統卡拉才按照原計劃赴馬國出席盛會。

        印馬兩國原是兄弟之邦，是同種同族，同樣的文化背景，同樣的宗教信仰，但因為歷史的機運不同，馬國被英國統治多年，印尼被荷蘭統治多年，造成兩個兄弟之邦有不同的發展，更因為近年印尼遭遇金融危機的打擊，一蹶不振，兩國人民的差距越來越大。現在馬國的人民平均所得已經達到35000美元，而印尼平均人民所得仍停留在2000美元之間。印尼在東協龍頭老大的地位，逐漸被馬國所替代。

印勞對馬國建設立下汗馬功勞

        2006年馬來西亞成為印尼最大的外來投資國家，兩國之間的貿易印尼方面出超，印尼成為馬來西亞最大的勞工供應國：印尼勞工對馬來西亞的建設立下了汗馬功勞。然而事實上，馬來西亞人看不起印尼人，馬國人民自認比印尼人強，他們能講流利的英語，國民平均收人也比印尼強。因此馬來西亞人非常看不起印尼人。因為以上原因，才會發生印尼空手道裁判遭馬國警察毆打的事件。其實，發生類似的事件已不只一次，根據關心印尼勞工法律援助機構的統計，今年就已發生了35宗印勞被虐待事件，但因為沒有被媒體揭發與報導，而未引起大眾的注意。
雖然印勞在馬國經常發生不愉快事件，印尼在馬國的合法與非法勞工人數卻逐年增加，根據印尼駐馬國大使館的資料：

        加上非法印尼勞工，在馬國工作的印尼勞工，約有200多萬人。印尼每年自馬國的合法印勞獲得29兆盾的外匯收入，這還未包括非法印勞的收入。其實，在馬國的印尼勞工酬勞比起其他國家並不高，在馬國的印尼勞工每月酬勞為400馬幣（約100萬盾），新加坡為700馬幣，香港為1300馬幣，台灣為700馬幣。由於在馬國的工資比其他國家低，加上在馬國經常發生被虐待事件，已使印勞開始轉移到新加坡、香港或台灣尋找工作。

            因此，有人建議，既然馬國不尊重印尼的勞工，不如暫時停止供應勞工到馬國，相信若印尼停止供應勞工到馬國，對馬國建設必造成嚴重的影響，沒有印尼勞工的參與，馬國的建設將面臨停頓的威脅。

馬國在印尼的投資逐年增加

        2006年馬國在印尼收購了165項企業，總值高達22億美元，馬國成為2006年投資印尼最大的國家。日本、韓國與新加坡不得不屈居其下。

        馬來西亞的Khazanah National Bhd，透過其子公司Santubong Invesment BV收購了Swiss Asia Global在力寶銀行（LippoBank）52,05%總值達3.3兆盾的股權。Khazanah也透過Bumiputra Commerce Holding Bhd. 控制了66.1%商業銀行(Bank Niaga）的股權。另外，Khazanah也透過其子公司Telecom Malaysia控制了印尼著名電訊手電運作企業Pro XL 85%的股權：另一個著名的印尼電訊手機企業Natrindo Telecom Seluler的95%的股權，也被馬國Maxis Communications Bhd所收購，但不久該公司轉賣了其中51%的股權給沙烏地阿拉伯電訊公司。

        在農業方面，馬國的Guthrie集團控制了25個印尼的棕櫚園，包括在蘇門答臘、加里曼丹及蘇拉威西面積超過26萬平方公頃的棕櫚園，及每小時生產超過600噸棕櫚原油的工廠。

        另外，馬國的有線電視Astro收購了PT. Direct Vasion，及馬國的Air Asia成功與印尼的Awair聯營，馬國的石油公司Protonas在印尼開設加油站，馬國製造的Proton牌汽車也搶入印尼市場。
其實，馬國投資自2004年開始已進入印尼，根據投資統籌機構的資料，馬國近年在印尼的投資如下：

        2007年馬國在印尼的投資項目擴展到房地產、教育、保健及處理垃圾。蘇西洛總統也稱讚馬國在印尼的投資有所增長。印尼為了達到6.5%的經濟增長率，投資額必須達到918兆盾。根據馬國投資發展機構的統計，印尼在馬國的投資，遠不及馬國在印尼投資。

        印馬關係應該是互利的關係，印尼提供馬國廉價勞工，馬國在印尼投資，促進印尼經濟成長，提供就業機會，兩國合作創造雙贏的局面，兩國若交惡，將兩敗俱傷，對印馬雙方都沒有好處。