經過激烈的選戰，台灣十七縣市長選舉在民國九十八年十二月五日舉行，國民黨囊括十二席、民進黨四席、無黨籍一席。民進黨雖席次不多，但得票率達百分之四五‧三二，較上屆明顯成長。國民黨主席馬英九坦承選舉結果不如理想，將檢討改進。

行政院長吳敦義選後指出，期盼選後社曾各界回歸穩定平和，當選人挑起選民付託；未獲當選者，也以坦蕩胸懷接受投票結果。

由於這次是縣市長、縣市議員、鄉鎮市長三合一選舉，全台共有六千三百八十四處投開票所。縣市長選舉投票率百分之六三‧三四，略低於四年前的百分之六六‧二二。
這次三合一選舉是二次政黨輪替後首次大型選戰，藍綠激烈競爭。

此外，這次選舉仍是賄聲賄影，根據法務部公布的查賄績效統計，各地檢察機關共計起訴七十九人，羈押一百七十四人。

其中花蓮光復鄉三名鄉長候選人.，全因疑涉賄選遭羈押，創花蓮鄉鎮市長選舉有史以來的紀錄。

這次扣除確定改制的台北縣、台中縣、台中市、台南縣、台南市、高雄縣未舉辦選舉，十七個縣市長選舉中，國民黨得票率百分之四七‧八八，民進黨得票率百分之四五‧三二。
縣市議員候選人九百三十五人，應選五百九十二席。其中國民黨獲二百八十九席，民進黨一百二十八席，無黨籍一百七十席，台灣團結聯盟三席，親民黨一席，勞動黨一席。

鄉鎮市長應選名額二百十一席，國民黨拿下一百二十一席，民進黨獲得三十四席，無黨籍有五十六席。新任縣市長於九十八年十二月二十日上任。

第七屆立委缺額補選當選人：
南投縣第三選舉區 馬文君（國民黨）
桃園縣第二選舉區 郭榮宗（民進黨）
台中縣第三選舉區 簡肇棟（民進黨）
台東縣選舉區 賴坤成（民進黨）